На трех этажах в одиннадцати залах расположены исторические, естественнонаучные и художественные выставки. 11 выставочных залов общей площадью 3500 квадратных метров. Вниманию зрителей предлагается более 120 тысяч экспонатов музейной коллекции, знакомящих с историей края и его природными и географическими особенностями.
Также открыты для посетителей отдельно стоящие экспозиции музея: "Блиндаж", "Смотровая площадка археологических раскопок "Королевский замок", "Парк скульптуры" на острове Канта, "Форт № 5" в Калининграде, "КП 43 армии" в поселке Холмогоровка Зеленоградского района, "Музей Кристионаса Донелайтиса" в поселке Чистые Пруды Нестеровского района.